Vai trò có ích của nguyên sinh vật:
+ Làm thức ăn cho các sinh vật khác: các nguyên sinh vật sống tự do.
+ Cung cấp oxygen cho các sinh vật thủy sinh: các loại tảo.
+ Sống cộng sinh với các sinh vật khác : Trùng roi trichomonas sống cộng sinh. trong ruột mối giúp mối tiêu hóa cellulose, …
+ Làm thức cho con người.
+ Cung cấp nguyên liệu cho các ngành sản xuất: một số loài tảo.
+ Chỉ thị: môi trường nước (trùng giày, tảo,…); chỉ thị địa chất (trùng lỗ,...).